Mass Spectrometry - Quantification

Info

• BioStars: Mass spectrometry

• BioStars: Question: Normalization And Differential Expression Analysis Of Mass Spectrometry Data
• BioStars: Question: absolute protein quantification from mass spectrometry

Software

• Wikipedia: MS/MS peptide quantification
• An Assessment of Software Solutions for the Analysis of Mass Spectrometry Based Quantitative Proteomics Data
• MS-utils
• InfernoRDN can perform various downstream data analysis, data reduction, and data comparison tasks including normalization, hypothesis testing, clustering, and heatmap generation
• Isobar (R package) provides methods for preprocessing, normalization, and report generation for the analysis of Proteomics data generated by Mass spectrometers using isobaric peptide tags, such as iTRAQ and TMT
• MSstats is an R package for statistical relative quantification of proteins and peptides in global, targeted and data-independent proteomic. (Ref.)

Maxquant related

• CPAN: Suche
• mqrun: Automate MaxQuant 

• UNiquant, a program for quantitative proteomics analysis using stable isotope labeling 
• Mascot Distiller
• ProtQuant: a tool for the label-free quantification of MudPIT proteomics data  

• Quantitative Mass Spectrometry Imaging (MSI) Technique

Thunderbird is not responding!

Nach der Aufdatierung von Windows 7 auf Windows 10 hängt Mozilla Thunderbird (Version 38.2.0) öfters für längere Zeit, wenn Nachrichten nachgeladen oder verschickt werden. Alle gefundenen Vorschläge etwaige Einstellungen in Thunderbird selber zu ändern haben nicht gebracht. Eine mögliche Lösung zum Problem habe ich hier (http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?f=39&t=2952365) gefunden.
Thunderbird ist nicht als Programm in der Liste der von der Firewall zugelassenen Programme. Nachdem "thunderbird.exe" zugefügt wurde hängt das Programm anscheinend nicht mehr.
P.S: Und das hat dann doch nicht 100% geholfen. :(

Nächster Versuch:
https://wiki.mozilla.org/Thunderbird:Testing:Antivirus_Related_Performance_Issues
"Windows Defender" deaktiviert. Das Problem besteht immer noch.

Thunderbird hängt besonders schnell, wenn auf den Kalender (incl. "Provider for Google Calendar") zugegriffen wird.

Mit "Process Explorer" das Thunderbird-Fenster "abgetastet". Beim "Hängen" wird der Prozess "dwm.exe" markiert. (Desktop Window Manager)
Mehr dazu hier: http://www.neuber.com/taskmanager/deutsch/prozess/dwm.exe.html)

Auf Version  31.8.0 degradiert und Thunderbird läuft, allerdings ohne Lightning. Lightning Version 3.3.3 installiert und Thunderbird hängt wieder.
Thunderbird wieder aufgradiert auf Version 38.2.0.

Ausnahmen in "Windows Defender" eingegeben, um das scannen der ePostverzeichnisse von Thunderbird zu unterbinden. Thunderbird hängt weiterhin zwischenzeitlich.

Noch ein Link zum Problem gefunden.
http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?f=39&t=2957945&sid=11f32de8ff6d681ce1a81ff955023cda
Und noch ein Link, generell zu WinDO$ 10 und Thunderbird.
http://forums.mozillazine.org/viewtopic.php?f=39&t=2955839&sid=11f32de8ff6d681ce1a81ff955023cda

Ein weiterer Link zur "Thunderbird" und hoher CPU-Belastung:
http://rainbow.chard.org/2013/02/19/thunderbird-high-cpu/ 
mail.db.idle_limit von 300.000 auf 30.000.000 erhöht.
Weiterhin "Not Responding". Wert zurückgesetzt.

"Provider for Google Calendar" deaktiviert.
Thunderbird, und besonders der Kalender, scheint besser zu laufen.
"Google Calendar Tab" installiert, um weiterhin Zugriff auf die Googlekalender zu haben.

Windows 10 --> Linux

• OpenSuse 13.2
• XFCE
• Xfce and openSUSE – Five Steps to Perfection
  
• Image Scan! for Linux
• RedShift
• DoubleCommander  (GTK)
• KeePass
• Wine
• Foobar 2000
• Ant Movie Catalog
• Clementine
• PulseAudio Volume Control
• SMPlayer
• Htop
• Terminator
• CopyQ, als Clipboard Manager installieren
• Snippets in CopyQ, https://www.youtube.com/watch?v=xVUzM7TjV_g
• Using fonts from a Windows partition, https://wiki.archlinux.org/index.php/Microsoft_fonts

# sudo ln -s /windows/C/Windows/Fonts /usr/share/fonts/WindowsFonts

# fc-cache 

•  ~/.profile 

export LC_TIME=de_DE.UTF-8
export LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8
export LC_PAPER=de_DE.UTF-8
export LC_NAME=de_DE.UTF-8
export LC_ADDRESS=nb_NO.UTF-8
export LC_TELEPHONE=nb_NO.UTF-8
export LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8
export LC_IDENTIFICATION=de_DE.UTF-8

•  50-sound.conf

options snd slots=snd-hda-intel,snd-hda-intel
# 5Dex.DTwrdue_pn8:M5A88-V EVO
alias snd-card-0 snd-hda-intel
# NXNs.h6omwnn_KfB:Cape Verde/Pitcairn HDMI Audio [Radeon HD 7700/7800 Series]
alias snd-card-1 snd-hda-intel

• Install Folding at home, FAHclient, FAHControl, and FAHviewer and
  Install Folding@home FAHClient on Linux as a systemd service unit
• Install nmon
• Install Blueman for bluetooth support
• Install fusiso and follow the instruction to add ISO mounting support in Thunar
• Uninstall Sound juicer and install ripperx and/or gnormalizer and lame
• Install Mediainfo

GT-S5360 Schirmbruch

Wenn man den Bildschirm beim Samsung Galaxy Y GT-S5360 ausbaut, um den angesammelten Staub zu entfernen sollte man sehr forsichtig vorgehen. Anleitungen zum auseinanderbauen gibt es bei YouTube aber die wichtigste Information habe ich bei formymobile.co.uk gefunden.
"To remove the LCD screen, apply heat to the screen for about 30 seconds using a hot air gun or hair dryer. This will soften the adhesive tape holding it in place. Then carefully slide your plastic tool along the edge of the screen. Do not force the screen, just keep applying heat if it doesn't come free easily."
Wenn man den Kleber nicht aufwärmt und dadurch weicher macht und zusätzlich noch einen harten Metallschraubenzieher verwendet anstatt einer alten Plastikkart kann man leicht den Bilschirm zerstören. Dann hat man horizontale und vertikale Striche auf dem Bildschirm, große weiße Bereiche und kleine Risse die sich beim Drücken auf den Schirm schnell über den ganzen Bildschirm ausweiten. Dann bleibt einem nichts weiter übrig, als das alte Telephon (Nokia 2760) zu reaktivieren und sich ein neues (Moto G) zu bestellen.

 

Ersatz für den Bildschirm des Galaxy Y gibt es bei Ebay für £4.05.

Unipro UGENE hat sich gemausert.

Programme für die Suche nach Rekombinationsereignissen

• cBrother is the C Version des Java-Programs DualBrothers
• RDP3

und zum Schluß noch Links to Recombinant Sequence Analysis/Detection Programs

BioPerl unter Cygwin installieren

• Cygwin installieren. Unter Win7 64bit hat sich die 32 bit-Version als besser erwiesen, da unter der 64 bit-Version der Zugriff auf einige Dateien sich als schwierig bis unmöglich erwies.
• Sicher stellen, daß die perl, make, binutils, und gcc Pakete installiert sind
• Avira abschalten, da es bei einigen Tests eine Virusmeldung ausgibt und die benötigen Dateien blockiert.
• Den Cygwin Terminal unter dem Administrator-Konto starten
• CPAN aufdatieren mit:

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q 

•  Das Build-Modul installieren

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

• Test::Most installieren

>cpan
cpan>install Test::Most
cpan>q

• BioPerl-1.6.924.tar herunterladen und auspacken mit  

>tar -zxvf BioPerl-1.6.924.tar

• In das BioPerl-Verzeichnis wechseln mit  

>cd BioPerl-1.6.924 und

• Build starten:

>perl Build.PL
>./Build test

• Build vollenden:

>./Build install 

• Ob die BioPerl-Module installiert wurden kann schnell geprüft werden mit:

>cpan -l | grep -i bio