BioPerl unter Cygwin installieren

• Cygwin installieren. Unter Win7 64bit hat sich die 32 bit-Version als besser erwiesen, da unter der 64 bit-Version der Zugriff auf einige Dateien sich als schwierig bis unmöglich erwies.
• Sicher stellen, daß die perl, make, binutils, und gcc Pakete installiert sind
• Avira abschalten, da es bei einigen Tests eine Virusmeldung ausgibt und die benötigen Dateien blockiert.
• Den Cygwin Terminal unter dem Administrator-Konto starten
• CPAN aufdatieren mit:

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q 

•  Das Build-Modul installieren

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

• Test::Most installieren

>cpan
cpan>install Test::Most
cpan>q

• BioPerl-1.6.924.tar herunterladen und auspacken mit  

>tar -zxvf BioPerl-1.6.924.tar

• In das BioPerl-Verzeichnis wechseln mit  

>cd BioPerl-1.6.924 und

• Build starten:

>perl Build.PL
>./Build test

• Build vollenden:

>./Build install 

• Ob die BioPerl-Module installiert wurden kann schnell geprüft werden mit:

>cpan -l | grep -i bio

SAMtools 1.0 under Cygwin 64 bit Win7

 I successfully compiled SAMtools 1.0 under Cygwin using this instructions.

The standard Cygwin 64 bit installation I upgraded with:
nano,  gcc-core, make, git, libncurses-devel
I used the package from here and decompressed it with "bzip2 -d" and untarred it with "tar -vxf".
In ".bash_profile" I extended the PATH by adding "export PATH=/bin:$PATH".
I edited the beginning of the Makefile, but not the Makefile.mingw, as described in the post, using

CC       = gcc
CPPFLAGS = $(DFLAGS) $(INCLUDES)
CFLAGS   = -g -Wall -O2
CFLAGS   =-I/usr/include/ncurses
LDFLAGS  =
LDLIBS   =
DFLAGS=     -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log -D_USE_KNETFILE
KNETFILE_O= knetfile.o

Than just "make" and "make install" and samtools ended up in /usr/local/bin