GPU-basecalling under MinKNOW

I had terrible problems getting GPU-basecalling running again after the update of MinKNOW in september 2022. After a downgrade von Xubunut 22.04 to 20.04, which didn't give the desired result, I reinstalled Xubuntu version 20.04 from scratch and slowly build up the system again while using following sources for the installation of the GPU-guppy-basecaller.

https://community.nanoporetech.com/docs/prepare/library_prep_protocols/experiment-companion-minknow/v/mke_1013_v1_revcl_11apr2016/installing-gpu-version-of-guppy-with-minknow-for-minion

https://gringer.gitlab.io/presentation-notes/2021/10/08/gpu-calling-in-minknow/

Kudos to where they belong. I'll try to re-collect my steps and post the result on another page.

Make XChange PDF Viewer the standard PDF reader in Linux

I like the speed and functionality of the Tracker XChange PDF Viewer version 2 and use it already for a long time under Windows. Unfortunately I couldn't find an equivalent PDV viewer for Linux that has the same capabilities, especially regarding marking of text and OCR.
To make the reader available as default in OpenSUSE with Xfce i put the file "XChange PDF Viewer.desktop" with the following  content into the folder "/home/user/.local/share/applications/".

[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=XChange PDF Viewer
Comment=Project-Id-Version: @PACKAGE@\nReport-Msgid-Bugs-To: i18n@suse.de\nPOT-Creation-Date: 2015-10-01 14:51+0000\nPO-Revision-Date: 2005-11-08 12:26+8\nLast-Translator: Steve Beattie \nLanguage-Team: English\nLanguage: \nMIME-Version: 1.0\nContent-Type: text/plain; charset=UTF-8\nContent-Transfer-Encoding: 8bit\nPlural-Forms: nplurals=2; plural=n != 1;\n
Exec=wine "/windows/wd/Program Files/Tracker Software/PDF Viewer/PDFXCview.exe" Z:%F %F
Icon=/windows/wd/Program Files/Tracker Software/PDF Viewer/PDF-XChange-Viewer.png
Path=
Terminal=false
StartupNotify=false

Probleme mit der Soundkarte unter Opensuse Linux

Ausgangserkennung

Ich hatte seit einiger Zeit Probleme mit der Soundkarte, eigentlich dem On-Board Sound, auf dem Motherboard ASUS M4A88TD-V EVO/USB3 unter Opensuse Linux (42.2). Der vordere (und hintere) Lautsprecherausgang hat den eingestöpselten Kopfhörer nicht mehr konstant erkannt und es wurde von Pulse Audio ständig zwischen den Ausgängen hin und her geschaltet. Als möglicher Fehler wurde ein defekte Audiobuchse vorgeschlagen, aber nach dem Einlöten einer neuen bestand das Problem immer noch. Auch ein Abwaschen (Abpinseln) des MB mit Isopropanol hat nicht gebracht. Um das Problem zu umgehen habe ich die automatische Detektion in Pulse Audio ausgeschaltet.
In der Datei

/etc/pulse/default.pa

die Zeile

load-module module-switch-on-port-available

auskommentieren, so daß sie so aussieht:

# load-module module-switch-on-port-available

Weißes Rauschen

Nachdem die Kopfhörerbuchse wieder verwendbar wurde fiel mir bei leisen Stellen ein starkes Rauschen im Hintergrund auf. Dieses war bei der zwischenzeitlichen Verwendung eine USB Sound Adapters

nicht zu hören gewesen. Ich versuchte in Pulse Audio in der default.pa Datei, s.o., die Einstellung

load-module module-udev-detect tsched=0

was allerdings keine Besserung gab. Das Problem lag an den Mikrophoneingängen. Wenn man in der Konsole den Alsamixer startet kann man den vorderen und hinteren Mikrophoneingang vollständig herunterdrehen, was das Hintergrundrauschen ausschaltet. Dafür wird im Alsamixer mit F6 die Soundkarte ausgewählt und dann werden die Mikrophone heruntergedreht als auch der Line Boost auf Null gesetzt.

Nachtrag 2019-01

Ein defekter Kopfhörerausgang macht mir seit einiger Zeit zu schaffen. Der Komposter bekommt ständig das Signal, daß ein Kopfhörer eingesteckt und gleich wieder herausgezogen wurde und schaltet dann die externen Lautsprecher aus und wieder an. Ziemlich nervig. Hier habe ich die Lösung gefunden.
"Alsamixer" aufrufen, die Soundkarte mit "F6" auswählen, "auto-mute mode" ausschalten (dafür ganz nach rechts gehen), "audiomixer" verlassen und die Einstellung als "root" mit "alsactl store" speicher.

Temperaturkontrolle unter OpenSUSE Linux

 Von PCsensor gibt es einen USB-Stick zur Temperaturkontrolle mit dem Namen TEMPer2. Dieser hat einen internen und einen optionalen externen Temperatursensor und gibt es bei Ebay für ca. 10 Englische Pfund zu kaufen.

Zum Auslesen beider Temperaturen kann man PCsensor verwenden.
In YaST / Sortware Management nach libusb suchen und dann alle gefundenen devel-Packete installieren.
Im Kommandozeilenfenster in z.B. ein temporäres Verzeichnis wechseln und mit su Administratorrechte aktivieren. Danach folgende Befehle der Reihe nach ausführen:

git clone https://github.com/peterfarsinsen/pcsensor
cd pcsensor
cp 99-tempsensor.rules /etc/udev/rules.d/
make
cp pcsensor /usr/local/bin/

PCsensor ist nun unter /usr/local/bin/ so daß das Verzeichnis pcsensor gelöscht werden kann.
Das Programm kann von der Komandozeile z.B. folgendermaßen aufgerufen werden

pcsensor -c

und gibt dann z.B. folgende Ausgabe. Hier war das externe Thermometer nicht eingesteckt.

2016/05/15 23:41:16
Temperature (internal) 24.56C
Temperature (external) -0.00C

Kudos gehen hierhin:

https://github.com/peterfarsinsen/pcsensor
http://bailey.st/blog/2012/04/12/dirt-cheap-usb-temperature-sensor-with-python-sms-alerting-system/

HotCorners in OpenSUSE with XFCE

There is a plugin for XFCE to use "Hot Corners" to start specific actions by moving the mouse curser into the corners of the screen. The plugin is easily compiled but does not show up in openSUSE 64bit as available Xfce panel. This comment remarks that under x86_64 openSUSE the Xfce plugins must be installed into the folder /usr/lib64/xfce4/panel/plugins/.
So, a quick

sudo mv /usr/lib/xfce4/panel/plugins/libhotcorner.so /usr/lib64/xfce4/panel/plugins/libhotcorner.so

resolves this problem.

P.S.: There seems to be a problem with the fixation of the "Custom Command" you can put in. For me this command would be skippy-xd --activate-window-picker to activate the window manager tool Skippy (openSUSE download). The custom command is working fine in HotCorner but sometimes when opening the properties dialogue again the setting is gone and the configuration file ~/.config/xfce4/panel/hotcorner-17.rc does not contain the custom command setting any more.

Windows 10 --> Linux

• OpenSuse 13.2
• XFCE
• Xfce and openSUSE – Five Steps to Perfection
  
• Image Scan! for Linux
• RedShift
• DoubleCommander  (GTK)
• KeePass
• Wine
• Foobar 2000
• Ant Movie Catalog
• Clementine
• PulseAudio Volume Control
• SMPlayer
• Htop
• Terminator
• CopyQ, als Clipboard Manager installieren
• Snippets in CopyQ, https://www.youtube.com/watch?v=xVUzM7TjV_g
• Using fonts from a Windows partition, https://wiki.archlinux.org/index.php/Microsoft_fonts

# sudo ln -s /windows/C/Windows/Fonts /usr/share/fonts/WindowsFonts

# fc-cache 

•  ~/.profile 

export LC_TIME=de_DE.UTF-8
export LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8
export LC_PAPER=de_DE.UTF-8
export LC_NAME=de_DE.UTF-8
export LC_ADDRESS=nb_NO.UTF-8
export LC_TELEPHONE=nb_NO.UTF-8
export LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8
export LC_IDENTIFICATION=de_DE.UTF-8

•  50-sound.conf

options snd slots=snd-hda-intel,snd-hda-intel
# 5Dex.DTwrdue_pn8:M5A88-V EVO
alias snd-card-0 snd-hda-intel
# NXNs.h6omwnn_KfB:Cape Verde/Pitcairn HDMI Audio [Radeon HD 7700/7800 Series]
alias snd-card-1 snd-hda-intel

• Install Folding at home, FAHclient, FAHControl, and FAHviewer and
  Install Folding@home FAHClient on Linux as a systemd service unit
• Install nmon
• Install Blueman for bluetooth support
• Install fusiso and follow the instruction to add ISO mounting support in Thunar
• Uninstall Sound juicer and install ripperx and/or gnormalizer and lame
• Install Mediainfo