Programme für die Suche nach Rekombinationsereignissen

• cBrother is the C Version des Java-Programs DualBrothers
• RDP3

und zum Schluß noch Links to Recombinant Sequence Analysis/Detection Programs

BioPerl unter Cygwin installieren

• Cygwin installieren. Unter Win7 64bit hat sich die 32 bit-Version als besser erwiesen, da unter der 64 bit-Version der Zugriff auf einige Dateien sich als schwierig bis unmöglich erwies.
• Sicher stellen, daß die perl, make, binutils, und gcc Pakete installiert sind
• Avira abschalten, da es bei einigen Tests eine Virusmeldung ausgibt und die benötigen Dateien blockiert.
• Den Cygwin Terminal unter dem Administrator-Konto starten
• CPAN aufdatieren mit:

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q 

•  Das Build-Modul installieren

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

• Test::Most installieren

>cpan
cpan>install Test::Most
cpan>q

• BioPerl-1.6.924.tar herunterladen und auspacken mit  

>tar -zxvf BioPerl-1.6.924.tar

• In das BioPerl-Verzeichnis wechseln mit  

>cd BioPerl-1.6.924 und

• Build starten:

>perl Build.PL
>./Build test

• Build vollenden:

>./Build install 

• Ob die BioPerl-Module installiert wurden kann schnell geprüft werden mit:

>cpan -l | grep -i bio

Hyperion 9 on Galaxy Y with custom kernel

Installationsreihenfolge:
* Home + volume down + power
* ODIN OS flash mit S5360_XXMI1_OXXMD1_XXMC2_wipe_by_SplitFUS2.zip (Datei auf der SD-Karte)
! IMEI ist vorhanden
- Dieses ist zum Zurücksetzen des Telephons auf ein Stock-ROM
* Home + volume up + power
* TempCWM.zip (Datei auf der SD-Karte)
- ClockWorkMod starten
* Mount alles
* Installieren des Kernels, hells fusion #50.zip
! IMEI ist nicht sichtbar
- Alternative dazu den GNU Kernel von Percy installieren. Dieser benötigt auch keinen anderen WLAN-Treiber
* Home + volume up + power
* Mount alles
* HYPERION-08.GM-RIL.FIX.zip (Datei auf der SD-Karte)
! IMEI ist vorhanden
* Home + volume up + power
* Mount alles
* ROM installieren, HYPERION-09.DXMJ1.GM-FINAL.BUILD.zip (Datei auf der SD-Karte)
* Home + volume up + power
* Nur WLAN-Treiber installieren, Whites wifi driver - dhd1.1.zip (Datei auf der SD-Karte), wird vom Hell's fusion Kernel benötigt

! Die benötigten Datein findet man auf www.xda-developers.com!

Optional:
* Link2SD installieren. Hierzu gibt es Alternativen, um den Hauptspeicherbedarf zu reduzieren.
* Swapper installieren
(* A2SDGUI - Darktremor A2SD GUI installieren, benötigt zusätzlich noch dtapps2sd-2.7.5.3-beta04-signed.zip.)
** Nicht mehr empfohlen, da es den Deep Sleep Modus verhindert! Ein Skript zum Entfernen von orie1212 gibt es hier. Falls der Deep Sleep Modus nach der Deinstallation nicht mehr funktioniert den Kernel neu installieren (hells fusion #50.zip ) und danach das ROM (HYPERION-09.DXMJ1.GM-FINAL.BUILD.zip) neu installieren. Dann sollte nach ca. 30 s Ruhe des Gerätes, frei vom Lader, im CPU Spy auch ein Wert für Deep Sleep angezeigt werden.
** Da nach der Wiederherstellung der gewünschten Einstellungen, Link2SD etc., der Deep Sleep Modus wieder nicht funktionierte habe ich einen anderen Kernel installiert. GNU Kernel von Percy. Dieser Kernel benötigt den Stock Wifi driver. Dann noch im Recovery Modus den Batterycache geleert, da die Batteriestatusanzeige abstürzte.
* AdFree installieren
* Zur Unterstützung weiterer Tastaturen Smart Keyboard PRO installieren
* LBE Privacy Guard installieren
* NoTelURL installieren
(* Lockscreen ändern, wie hier beschrieben)
(* Systemsprache kann geändert werden mit MoreLocale 2)
* Der Schriftschnitt der Standardschrift in Hyperion 9 gefiel mir nicht. Wie in den ersten vier folgenden Bildern zu sehen, so ist die Schrift ziemlich eng. Ich habe in einem 50er-Packet die Schrift Sansation gefunden, siehe fünftes Bild. Ich habe die Schrift zu Installation in eine APK-Datei gepackt.
* Für den Zugriff auf den Microsoft Exchange 2010 E-Post-Server des Arbeitgebers benötigte ich eine Email.apk. Nach langer Suche habe ich endlich eine Version gefunden die unter Hyperion funktioniert.
* Tasker installieren
* Pico TTS benötigt für die Sprachausgabe ein Sprachpacket. Diese sind leider nicht mehr so leicht zu finden. Ich habe eine für mich funktionierende APK-Datei (com.svox.langpack.installer, Version 1.0.3) hier bereitgestellt.

Weitere Info zu Hyperion 9:
* Screenshots mit Home + Power. Die Bilder befinden sich dann auf der SD-Karte im Verzeichnis /ScreenCapture

Deep Sleep Modus ist aktiv!

SAMtools 1.0 under Cygwin 64 bit Win7

 I successfully compiled SAMtools 1.0 under Cygwin using this instructions.

The standard Cygwin 64 bit installation I upgraded with:
nano,  gcc-core, make, git, libncurses-devel
I used the package from here and decompressed it with "bzip2 -d" and untarred it with "tar -vxf".
In ".bash_profile" I extended the PATH by adding "export PATH=/bin:$PATH".
I edited the beginning of the Makefile, but not the Makefile.mingw, as described in the post, using

CC       = gcc
CPPFLAGS = $(DFLAGS) $(INCLUDES)
CFLAGS   = -g -Wall -O2
CFLAGS   =-I/usr/include/ncurses
LDFLAGS  =
LDLIBS   =
DFLAGS=     -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log -D_USE_KNETFILE
KNETFILE_O= knetfile.o

Than just "make" and "make install" and samtools ended up in /usr/local/bin

Winkey + Shift + G

Problem:
Irgendein Programm interferiert mit HoeKey und verhindert die Benutzung des Shortcuts: Winkey + Shift + G

Problemlösungsfindung:
1) MsgHookLister oder Windows hooks detector benutzen, um die behindernde Applikation zu finden
--> geht nicht, da Win7x64 keine unsignierten Treiber ohne weiteres zuläßt.
2) Apps nacheinander schließen oder die Prozesse beenden und jedesmal in HoeKey testen, ob der Shortcut belegt werden kann.

Ergebniss:
Der Sidebar mit den Gadgets läuft unter Win7x64 und benutzt die Shortcuts Winkey + G und Winkey + Shift + G um forwärts und rückwärts durch die Gadgets zu blättern. Der zweite Shortcut ist sehr schlecht dokumentiert.

Lösung:
Winkey-Shortcuts inaktivieren nach Anweisung vom Sevenforums.

Leider gehen dadurch auch die Shortcuts
Winkey + E = Explorer
Winkey + R = Run
verloren. Also doch vielleicht einen anderen Shortcut in HoeKey verwenden. Z.B.:

~@G=Run|http://www.google.com/search?q=%S    ; Googlen der Auswahl

Auf der Suche...

... nach Segemehl bin ich auf http://omictools.com/ gestoßen und von dort mal wieder bei Staden gelandet. Auf der Suche nach einer Anleitung für Staden fand ich dann Sammlung von Anleitungen und auch SeqMonk.
Bei SeqMonk scheint es sich um eine interessante Alternative zu anderen NGS Analysewerkzeugen zu handeln. Das Programm läuft gut unter Windo$ und hat eine klare Oberfläche. Eine gute Einführung wird in den Videos zum Programm gegeben. Mal sehen, ob sich das Programm im Neisseria-Projekt verwenden läßt.

Avira PopUps verhindern

Endlich eine Lösung gefunden die PopUps von Avira zu verhindern.
http://www.denkmaschinen.ch/2011/09/19/avira-antivir-9-und-10-so-wird-man-die-werbefenster-und-popups-los/
Hilfreich ist der Hinweis, daß man avgnt.exe mit "/nosplah" starten muß. Wenn man nur ipmgui.exe in der "Local Security Policy" unterdrückt, bekommt man von avgnt.exe das PopUp: "This program blocked by group policy" pop-up notification?", was ziemlich nach einer Systemmeldung klingt, aber ja tatsächlich von Avira kommt.
Um den Registry-Schlüssel erweitern zu können, muß man allerdings vorher in Avira den Registry-Schutz ausschalten.

Nachtrag: "/nosplash" für avgnt.exe funktioniert anscheinend doch nicht. Die Warnmeldung über die blockiert ipmgui.exe bekommt man weiterhin. :((
 Jetzt versuchen wir es mal mit den gegebenen Registry-Einstellungen...

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\safer\codeidentifiers\0\Paths\{60973e1d-3660-4012-856a-97a92f467003}]
"LastModified"=hex(b):b7,94,f1,01,52,26,ca,01
"Description"="Antivir PopUp deaktivieren"
"SaferFlags"=dword:00000000
"ItemData"="C:\\Program Files\\Avira\\AntiVir Desktop\\avnotify.exe"

... und warten auf das nächste PopUp. :O

Immer noch PopUps. :((
Hier wird erklärt warum:
"Die Popup-Werbungen mittels der Verwaltung von Gruppenrichtlinien zu deaktivieren, erzeugt bei jeder Anmeldung die Windows-Meldung "diese Aktion wurde von Ihrem Systemadministrator deaktiviert."

Nächster Versuch:
Zusätzlich avnotify.exe, ipmgui.exe und avnotify.dll unter Properties - Security - SYSTEM Read & execute deny einstellen.

Nachtrag: Immer noch PopUps von Avira. :((

Nachtrag: Nervig diese PopUps, besonders wenn man morgens von 10 Stück gleichzeitig begrüßt wird, weil die sich über Nach angesammelt haben. Also in secpol.msc die Blockierung von impGui.exe wieder aufgehoben.

Nachtrag:  Zurück auf Avira Free Antivirus 12 gegangen. Die Version läuft gut und nervt nicht so viel. Die letzte Version von AV12 davon gibt es bei Filehippo.

Nachtrag: Avira 12 nervt ausreichend damit, daß es ständing aufdatieren möchte. Am Ende gibt man auf und läßt das Kwängelkind gewähren da man keine besseren Alternativen gefunden hat.

Am Ende steigt man auf Linux um und benutzt dort wo man nicht anderes kann nur noch Windows Defender.