Windows 10 --> Linux

• OpenSuse 13.2
• XFCE
• Xfce and openSUSE – Five Steps to Perfection
  
• Image Scan! for Linux
• RedShift
• DoubleCommander  (GTK)
• KeePass
• Wine
• Foobar 2000
• Ant Movie Catalog
• Clementine
• PulseAudio Volume Control
• SMPlayer
• Htop
• Terminator
• CopyQ, als Clipboard Manager installieren
• Snippets in CopyQ, https://www.youtube.com/watch?v=xVUzM7TjV_g
• Using fonts from a Windows partition, https://wiki.archlinux.org/index.php/Microsoft_fonts

# sudo ln -s /windows/C/Windows/Fonts /usr/share/fonts/WindowsFonts

# fc-cache 

•  ~/.profile 

export LC_TIME=de_DE.UTF-8
export LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8
export LC_PAPER=de_DE.UTF-8
export LC_NAME=de_DE.UTF-8
export LC_ADDRESS=nb_NO.UTF-8
export LC_TELEPHONE=nb_NO.UTF-8
export LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8
export LC_IDENTIFICATION=de_DE.UTF-8

•  50-sound.conf

options snd slots=snd-hda-intel,snd-hda-intel
# 5Dex.DTwrdue_pn8:M5A88-V EVO
alias snd-card-0 snd-hda-intel
# NXNs.h6omwnn_KfB:Cape Verde/Pitcairn HDMI Audio [Radeon HD 7700/7800 Series]
alias snd-card-1 snd-hda-intel

• Install Folding at home, FAHclient, FAHControl, and FAHviewer and
  Install Folding@home FAHClient on Linux as a systemd service unit
• Install nmon
• Install Blueman for bluetooth support
• Install fusiso and follow the instruction to add ISO mounting support in Thunar
• Uninstall Sound juicer and install ripperx and/or gnormalizer and lame
• Install Mediainfo

GT-S5360 Schirmbruch

Wenn man den Bildschirm beim Samsung Galaxy Y GT-S5360 ausbaut, um den angesammelten Staub zu entfernen sollte man sehr forsichtig vorgehen. Anleitungen zum auseinanderbauen gibt es bei YouTube aber die wichtigste Information habe ich bei formymobile.co.uk gefunden.
"To remove the LCD screen, apply heat to the screen for about 30 seconds using a hot air gun or hair dryer. This will soften the adhesive tape holding it in place. Then carefully slide your plastic tool along the edge of the screen. Do not force the screen, just keep applying heat if it doesn't come free easily."
Wenn man den Kleber nicht aufwärmt und dadurch weicher macht und zusätzlich noch einen harten Metallschraubenzieher verwendet anstatt einer alten Plastikkart kann man leicht den Bilschirm zerstören. Dann hat man horizontale und vertikale Striche auf dem Bildschirm, große weiße Bereiche und kleine Risse die sich beim Drücken auf den Schirm schnell über den ganzen Bildschirm ausweiten. Dann bleibt einem nichts weiter übrig, als das alte Telephon (Nokia 2760) zu reaktivieren und sich ein neues (Moto G) zu bestellen.

 

Ersatz für den Bildschirm des Galaxy Y gibt es bei Ebay für £4.05.

Unipro UGENE hat sich gemausert.

Programme für die Suche nach Rekombinationsereignissen

• cBrother is the C Version des Java-Programs DualBrothers
• RDP3

und zum Schluß noch Links to Recombinant Sequence Analysis/Detection Programs

BioPerl unter Cygwin installieren

• Cygwin installieren. Unter Win7 64bit hat sich die 32 bit-Version als besser erwiesen, da unter der 64 bit-Version der Zugriff auf einige Dateien sich als schwierig bis unmöglich erwies.
• Sicher stellen, daß die perl, make, binutils, und gcc Pakete installiert sind
• Avira abschalten, da es bei einigen Tests eine Virusmeldung ausgibt und die benötigen Dateien blockiert.
• Den Cygwin Terminal unter dem Administrator-Konto starten
• CPAN aufdatieren mit:

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q 

•  Das Build-Modul installieren

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

• Test::Most installieren

>cpan
cpan>install Test::Most
cpan>q

• BioPerl-1.6.924.tar herunterladen und auspacken mit  

>tar -zxvf BioPerl-1.6.924.tar

• In das BioPerl-Verzeichnis wechseln mit  

>cd BioPerl-1.6.924 und

• Build starten:

>perl Build.PL
>./Build test

• Build vollenden:

>./Build install 

• Ob die BioPerl-Module installiert wurden kann schnell geprüft werden mit:

>cpan -l | grep -i bio

Hyperion 9 on Galaxy Y with custom kernel

Installationsreihenfolge:
* Home + volume down + power
* ODIN OS flash mit S5360_XXMI1_OXXMD1_XXMC2_wipe_by_SplitFUS2.zip (Datei auf der SD-Karte)
! IMEI ist vorhanden
- Dieses ist zum Zurücksetzen des Telephons auf ein Stock-ROM
* Home + volume up + power
* TempCWM.zip (Datei auf der SD-Karte)
- ClockWorkMod starten
* Mount alles
* Installieren des Kernels, hells fusion #50.zip
! IMEI ist nicht sichtbar
- Alternative dazu den GNU Kernel von Percy installieren. Dieser benötigt auch keinen anderen WLAN-Treiber
* Home + volume up + power
* Mount alles
* HYPERION-08.GM-RIL.FIX.zip (Datei auf der SD-Karte)
! IMEI ist vorhanden
* Home + volume up + power
* Mount alles
* ROM installieren, HYPERION-09.DXMJ1.GM-FINAL.BUILD.zip (Datei auf der SD-Karte)
* Home + volume up + power
* Nur WLAN-Treiber installieren, Whites wifi driver - dhd1.1.zip (Datei auf der SD-Karte), wird vom Hell's fusion Kernel benötigt

! Die benötigten Datein findet man auf www.xda-developers.com!

Optional:
* Link2SD installieren. Hierzu gibt es Alternativen, um den Hauptspeicherbedarf zu reduzieren.
* Swapper installieren
(* A2SDGUI - Darktremor A2SD GUI installieren, benötigt zusätzlich noch dtapps2sd-2.7.5.3-beta04-signed.zip.)
** Nicht mehr empfohlen, da es den Deep Sleep Modus verhindert! Ein Skript zum Entfernen von orie1212 gibt es hier. Falls der Deep Sleep Modus nach der Deinstallation nicht mehr funktioniert den Kernel neu installieren (hells fusion #50.zip ) und danach das ROM (HYPERION-09.DXMJ1.GM-FINAL.BUILD.zip) neu installieren. Dann sollte nach ca. 30 s Ruhe des Gerätes, frei vom Lader, im CPU Spy auch ein Wert für Deep Sleep angezeigt werden.
** Da nach der Wiederherstellung der gewünschten Einstellungen, Link2SD etc., der Deep Sleep Modus wieder nicht funktionierte habe ich einen anderen Kernel installiert. GNU Kernel von Percy. Dieser Kernel benötigt den Stock Wifi driver. Dann noch im Recovery Modus den Batterycache geleert, da die Batteriestatusanzeige abstürzte.
* AdFree installieren
* Zur Unterstützung weiterer Tastaturen Smart Keyboard PRO installieren
* LBE Privacy Guard installieren
* NoTelURL installieren
(* Lockscreen ändern, wie hier beschrieben)
(* Systemsprache kann geändert werden mit MoreLocale 2)
* Der Schriftschnitt der Standardschrift in Hyperion 9 gefiel mir nicht. Wie in den ersten vier folgenden Bildern zu sehen, so ist die Schrift ziemlich eng. Ich habe in einem 50er-Packet die Schrift Sansation gefunden, siehe fünftes Bild. Ich habe die Schrift zu Installation in eine APK-Datei gepackt.
* Für den Zugriff auf den Microsoft Exchange 2010 E-Post-Server des Arbeitgebers benötigte ich eine Email.apk. Nach langer Suche habe ich endlich eine Version gefunden die unter Hyperion funktioniert.
* Tasker installieren
* Pico TTS benötigt für die Sprachausgabe ein Sprachpacket. Diese sind leider nicht mehr so leicht zu finden. Ich habe eine für mich funktionierende APK-Datei (com.svox.langpack.installer, Version 1.0.3) hier bereitgestellt.

Weitere Info zu Hyperion 9:
* Screenshots mit Home + Power. Die Bilder befinden sich dann auf der SD-Karte im Verzeichnis /ScreenCapture

Deep Sleep Modus ist aktiv!

SAMtools 1.0 under Cygwin 64 bit Win7

 I successfully compiled SAMtools 1.0 under Cygwin using this instructions.

The standard Cygwin 64 bit installation I upgraded with:
nano,  gcc-core, make, git, libncurses-devel
I used the package from here and decompressed it with "bzip2 -d" and untarred it with "tar -vxf".
In ".bash_profile" I extended the PATH by adding "export PATH=/bin:$PATH".
I edited the beginning of the Makefile, but not the Makefile.mingw, as described in the post, using

CC       = gcc
CPPFLAGS = $(DFLAGS) $(INCLUDES)
CFLAGS   = -g -Wall -O2
CFLAGS   =-I/usr/include/ncurses
LDFLAGS  =
LDLIBS   =
DFLAGS=     -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log -D_USE_KNETFILE
KNETFILE_O= knetfile.o

Than just "make" and "make install" and samtools ended up in /usr/local/bin