Auf Wikipedia findet man eine Liste mit Alignment-Programmen: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software#Short-Read_Sequence_Alignment
Zum zusammenfügen von längeren Sequenzen, zum Beispiel von überlappenden sequenzierten PCR-Produkten kann man verwenden:
CAP3 - http://doua.prabi.fr/software/cap3
Genome Workbench - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial5/
merger - aus der EMBOSS Packung
