Programme für die Suche nach Rekombinationsereignissen

• cBrother is the C Version des Java-Programs DualBrothers
• RDP3

und zum Schluß noch Links to Recombinant Sequence Analysis/Detection Programs

BioPerl unter Cygwin installieren

• Cygwin installieren. Unter Win7 64bit hat sich die 32 bit-Version als besser erwiesen, da unter der 64 bit-Version der Zugriff auf einige Dateien sich als schwierig bis unmöglich erwies.
• Sicher stellen, daß die perl, make, binutils, und gcc Pakete installiert sind
• Avira abschalten, da es bei einigen Tests eine Virusmeldung ausgibt und die benötigen Dateien blockiert.
• Den Cygwin Terminal unter dem Administrator-Konto starten
• CPAN aufdatieren mit:

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q 

•  Das Build-Modul installieren

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

• Test::Most installieren

>cpan
cpan>install Test::Most
cpan>q

• BioPerl-1.6.924.tar herunterladen und auspacken mit  

>tar -zxvf BioPerl-1.6.924.tar

• In das BioPerl-Verzeichnis wechseln mit  

>cd BioPerl-1.6.924 und

• Build starten:

>perl Build.PL
>./Build test

• Build vollenden:

>./Build install 

• Ob die BioPerl-Module installiert wurden kann schnell geprüft werden mit:

>cpan -l | grep -i bio